5 ans après la mort d'Itachi Uchiwa, une nouvelle guerre éclata entre les cinq grandes puissances ninja. Cette bataille avait pour but d'agrandir et de délimiter les frontières de chacun de leur pays respectif. Durant cette bataille, le village caché de Konoha et celui de Suna s'allièrent. Et c'est grâce à cela qu'il détruirent Kiri et Kumo. Ils gagnèrent même la guerre. Mais en aucun cas il fallut croire ue cette guerre n'eut que de bons côtés. Plusieurs centaines de ninja moururent, comme le cinquième Hokage : Tsunade. Mais voici l'histoire que connait l'Hokage actuel :

Vers la fin de cette période qui dura 2 ans, ce combat fut connu sous le nom de "Saigo Taiketsu" autrement dit "la Confrontation Finale".
Tel le tonnerre, les rugissement se propageaient à tous les échos et, sous une pluie de sanf, le reste d'hommes s'éteignit peu à peu. Les shinobi qui, sans se préoccuper de l'issue de la bataille , avaient trouvé le sens de leur vie dans le maniement des armes et dans le respect qu'ils portaient à leur chef. Et parmi les survivants de ce moment histoire il y en avait un qui portait le nom de Naruto Uzumaki. C'est lui qui mit fin à ce conflit et qui porta le titre de "Hokage le sixième".

3 ans après la guerre (donc 10 ans après la mort d'Itachi), la paix avait finit par régner sur le monde qui avait trouvé un terrain d'entente qui semblait être correct. Enfin ça, c'est ce que les civils croyaient. Taka, l'organisation créée par Sasuké Uchiwa n'avait, pendant la guerre, cessé de croitre et d'évoluer. Quand à Akatsuki, elle recruta le plus de membres possible pour la capture de Kyûbi.

Heureusement, Naruto ébruité de cette rumeur créa une troupe de 12 ninja d'élite dont il était à la tête. C'est pourquoi, comme Taka et Akatsuki, Konoha manigance aussi quelque chose dans l'ombre, caché du reste du pays.

Durant la guerre, Konoha a plutôt bien résisté par rapport aux autres villages. Mais il est bien sûr en rénovation à cause des dégâts qui lui ont été causés.
Suna a également bien resisté de par la résistance du sable dur dont est fait son architecture.
Kiri et Kumo ont été dévasté mais sont en réparation. Ils appartiennent maintenant au pays du vent et du feu. Kiri appartient au pays du feu et Kumo au pays du vent.
Quant à Iwa, c'est le village au passé le plus dur : Peu sont ceux qui sont sortis de la guerre indemne. Les ninja qui ont combattus et qui en sont sortis vivant sont recherché par le Tsuchikage pour être exécuter. Pour lui, la bataille est perdue, et malheureusement la guerre aussi. Et il pense également que c'est la faute des nombreux shinobis qui ont combattus à ses côtés. Les survivants forme une troupe vagabonds du nom de Fugitifs.